Na terenie współczesnego Burkina Faso istniały od X wieku liczne małe państwa. Początki państwowości wiążą się z migracjami ludu Mossi, który podporządkował sobie autochtoniczne plemiona Gurunsi, Lobi, Bobo i Kurumba. W XIV i XV wieku Mossi napadli na Mali i Songhaj. Pokonani przez władcę Songhaju Sunni Alego nie przyjęli islamu, lecz rozdrobnili się na mniejsze państwa, z których najważniejsze były Jatenga i Wagadugu. Te niewielkie monarchie oparte były na sakralizacji króla (noszącego tytuł moro naba). Stopniowo obszar Burkina Faso ulegał coraz większemu podziałowi na kolejne małe państwa z których najsilniejsze utrzymały się do XIX wieku.
W latach 1896–1901 małe państwa Mossich, pomimo silnego oporu, zostały podbite przez Francję. W 1919 z obszarów tych wydzielono kolonię Górna Wolta, która zasiliła skład Francuskiej Afryki Zachodniej. W latach 1932–1947 obszar podzielony został przez kolonie: Niger, Sudan Francuski i Wybrzeże Kości Słoniowej, następnie zjednoczony jako francuskie terytorium zamorskie. Po 1945 utworzono pierwsze afrykańskie związki zawodowe i partie, organizacje podjęły się walki z kolonialnymi rządami. W 1958 Górnej Wolcie nadano autonomię w ramach Wspólnoty Francuskiej. W 1960 proklamowano niepodległość republiki pod nazwą Górna Wolta. Ekipa rządząca zachowała silne związki z dotychczasową metropolią.
Pierwszym prezydentem i premierem został Maurice Yaméogo. Jego nieudolna polityka i kryzys gospodarczy doprowadziły w styczniu 1966 roku do wojskowego zamachu stanu. W miejsce rządu władzę objęła Najwyższa Rada Wojskowa, z pułkownikiem Sangoulé Lamizaną na czele. W 1970 ogłoszono nową konstytucję, na jej mocy w 1971 Lamizana został prezydentem i powołano rząd cywilny. Kryzys polityczny związany z katastrofalną sytuacją gospodarki doprowadził w 1974 do powołania przez prezydenta wojskowego rządu obrony narodowej. W styczniu 1978, po wielu latach rządów wojskowych, powstał nowy rząd, w większości cywilny. W tym samym roku odbyły się wybory do Zgromadzenia Narodowego. W 1980 władzę ponownie objęła armia. Po kolejnym puczu w 1983 roku władzę przejął kapitan Thomas Sankara. Nowa junta nazwana Narodową Radą Rewolucyjną, powołała trybunały ludowe i rozpoczęła walkę z korupcją. W 1984 Sankara zmienił nazwę państwa na Burkina Faso (w języku mossi oznacza to „kraj uczciwych ludzi”). Przywódca obiecał stworzenie systemu sprawiedliwości społecznej i doprowadzenie do samowystarczalności żywnościowej kraju, wzorując się przy tym na wzorcach libijskich. Dwukrotnie, w latach 1974–1975 i w 1985, doszło do wojen z Mali. Konflikt graniczny został rozstrzygnięty przez Międzynarodowy Trybunał Sprawiedliwości w 1986.
Po kolejnym zamachu stanu w 1987 władzę objął kapitan Blaise Compaoré. Od 1989 roku następowała demokratyzacja kraju i tworzenie partii politycznych (np. w 2010 roku powstała Unia na rzecz Postępu i Reform). W 1991 ogłoszono nową konstytucję, przyjętą po powszechnym referendum. Wybory prezydenckie w kolejnych latach wygrywał Compaoré. W październiku 2014 w kraju miały miejsce masowe protesty i zamieszki spowodowane zapowiadaną nowelizacją prawa znoszącą limit prezydenckich kadencji. 30 października 2014 prezydent Blaise Compaoré wprowadził stan wyjątkowy, odwołał rząd, rozwiązał parlament i wyjechał do Senegalu. Następnego dnia podał się do dymisji ze stanowiska prezydenta, które w jego zastępstwie tymczasowo objął szef armii, generał Honoré Traoré. Objęcie przez niego tego stanowiska spotkało się ze sprzeciwem wśród niektórych środowisk opozycyjnych, które przypominały długotrwałą współpracę pomiędzy generałem a prezydentem oraz jego lojalność wobec dawnej głowy państwa. 1 listopada 2014 cieszący się większym poparciem społecznym podpułkownik Isaac Zida dostał poparcie armii do objęcia funkcji tymczasowej głowy państwa. Zida ogłosił także, że posiada pełną kontrolę nad krajem. 17 listopada 2014 pod naciskiem ze strony Unii Afrykańskiej i groźbą sankcji w związku z niedemokratyczną formą przejęcia władzy przez armię, 23-osobowy komitet złożony z przedstawicieli wojska, opozycji, środowisk obywatelskich i religijnych wybrał byłego ministra spraw zagranicznych Michela Kafando na nowego prezydenta kraju.
